Il primo Archaeopteryx fu trovato nei calcari giurassici di Solnhofen (Baviera, Germania) nel 1861 e fu presto accettato come prova chiave che uccelli e rettili condividono antenati comuni. Nel 1864 Charles Darwin in L'origine delle specie, scrisse: "si è sempre pensato che l'intera classe degli uccelli sia comparsa improvvisamente durante il periodo Eocene, ma oggi sappiamo, grazie agli studi di Owen, che un uccello visse nel Giurassico, Archaeopteryx, con la sua lunga coda da lucertola, recante una coppia di piume su ogni lato e con le ali dotate di artigli liberi, scoperto nei calcari di Solnhofen. Nessuna scoperta recente, dimostra così fortemente, quanto poco sappiamo degli ex abitanti di questo mondo”.
L'Archaeopteryx somigliava in parte a un piccolo dinosauro carnivoro (alto 25 cm, pesava circa 0,8-1 Kg), in parte a un uccello. Aveva coda lunga, sterno non carenato, 3 robuste dita della mano provviste di artigli e bocca con un gran numero di denti appuntiti e ricurvi all’indietro. Come gli uccelli aveva la furcula (piccolo osso a forma di V che risulta dalla fusione delle clavicole), gli alluci rivolti posteriormente, utili per appollaiarsi sui rami, e il corpo coperto di penne e piume. Carnivoro e insettivoro, si nutriva di piccoli rettili, che catturava lanciandosi dai rami. Si ritiene che fosse un buon volatore. Archaeopteryx era il classico “anello di congiunzione”, che dimostrava come gli uccelli si sarebbero evoluti dai rettili. Forse Archaeopteryx non è il vero antenato diretto dei moderni uccelli, ma secondo alcuni studiosi potrebbe rappresentare un ramo evolutivo parallelo. Per molti anni, nonostante la scoperta di un certo numero di dinosauri teropodi dal corpo piccolo con piume di vario tipo, un vero "intermedio" tra teropodi non aviari e uccelli era rimasto sfuggente alla ricerca. In effetti, la natura unica di Archaeopteryx (ad oggi solo 13 esemplari ritrovati in tutto) aveva persino condotto alcuni, negli anni ‘80 del secolo scorso, ad affermare che i due esemplari più noti erano falsi, ipotesi poi smentita.
Quando il fossile chiamato Archaeoraptor liaoningensis, proveniente da Liaoning in Cina, fu "scoperto" nel 1999, esso sembrava completare perfettamente la successione dinosauro (rettile) → dinosauro piumato → uccello. Il fossile fu "trovato" in Cina ed ebbe successo negli Stati Uniti, nelle mani dell'artista dei dinosauri e collezionista Stephen Czerkas (fondatore del Dinosaur Museum di Blanding, Utah), che aveva acquistato il fossile per 80mila dollari nel mercato clandestino e collaborò con un giornalista del National Geographic, dove apparve per la prima volta il nome non ufficiale di Archaeoraptor liaoningensis. Sia la natura apparentemente transitoria di Archaeoraptor che il processo per cui era stato citato al di fuori della letteratura scientifica sottoposta a revisione paritaria causarono grandi polemiche tra i paleontologi dei vertebrati. La rivista proclamò che il fossile era un "anello mancante" tra gli uccelli e i dinosauri teropodi terrestri.
Anche prima di questa pubblicazione, vi erano stati forti dubbi sull'autenticità del fossile, ma lo scandalo scoppiò quando venne dimostrato, attraverso un successivo studio scientifico, che il presunto fossile era una truffa. La falsificazione era stata ottenuta con la ricomposizione di pezzi di fossili reali provenienti da specie animali differenti. Zhou et al. (2001) dimostrarono infatti che la testa e la parte superiore del corpo appartenevano in realtà a un esemplare dell'uccello primitivo Yanornis, mentre uno studio del 2002 permise di scoprire che la coda era parte di un esemplare di Microraptor, un piccolo dinosauro dromeosauride alato (descritto nel 2000). Le zampe posteriori appartengono invece a un animale ancora sconosciuto.
Lo scandalo di Archaeoraptor ha avuto conseguenze notevoli. Portò l'attenzione sul commercio illegale di fossili condotto in Cina, ed evidenziò la necessità di uno stretto controllo delle notizie sui presunti "anelli mancanti" pubblicati su giornali senza peer-review. Lo scandalo del fossile fu poi usato dai creazionisti per mettere dubbi sulla Teoria evoluzionistica. Anche se Archaeoraptor era un’impostura, sono però noti molti veri esempi di dinosauri piumati che dimostrano la connessione evolutiva tra uccelli e altri dinosauri teropodi.
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